Nombre
Santo Domingo Chihuitán.

Toponimia
Existen dos versiones:

La primera: La palabra Chihuitán, proviene de las raíces zapotecas Xihuitlán y que a su vez se desprenden los siguientes vocablos: Xihuitl-Yehuite, que significa Yerba y Tlan, entre por lo tanto en su conjunto significa “lugar entre hierbas”.

La segunda: Chihuitán proviene del vocablo bixhahui, la cual esta compuesta por las siguientes voces: Bi que significa viento; Xhahui, que quiere decir urraca, de tal manera que haciendo la descripción de sus raíces etimológicas significa: Lugar de viento de urracas.